L108 – Laboratorium Genomiki Funkcjonalnej

Nowe możliwości badawcze, które powstaną w wyniku realizacji projektu:

mikroskop_2aWprowadzona zostanie możliwość wysokoprzepustowego niskokosztowego prowadzenia badań genomicznych zarówno w zakresie analizy ekspresji, jak i genotypowania. System Illumina DASL pozwoli na analizę genomiczną próbek z bloczków parafinowych, o wysokim stopniu degradacji. Równocześnie, system Illumina pozwoli na genotypowanie paneli markerów SNP większych niż używany obecnie system SNPlex (ograniczenie do 48 markerów) oraz kosztowo efektywne analizy na skalę całego genomu (500 tys. SNP).

Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Genomiki Funkcjonalnej pracuje jako „core laboratory” i wykonuje badania na rzecz jednostek trzecich w trybie umowy-zlecenia. Dotychczasowe zapotrzebowanie na te badania pozwala oszacować, że przy niższym koszcie oznaczeń w systemie Illumina zagwarantowane będzie jego pełne wykorzystanie ze środków pochodzących z zamówień zewnętrznych. Równocześnie, prowadzone projekty naukowo-badawcze prowadzące do charakteryzowania nowych genomicznych markerów molekularnych dają możliwość ich komercjalizowania we współpracy z jednostkami zewnętrznymi, w oparciu o zakupione zasoby laboratorium. Już obecnie Pracowania jest jednostką samofinansującą swoje potrzeby, nawiązane kontakty i doświadczenie gwarantują kontynuację tego stanu, a w przyszłości mogą dać możliwości uzyskania zysku.

 

Zdjęcia i opis zakupionej aparatury

 

Realizacja wskaźników: zakup aparatury

  1. Automatyczna stacja dozująca epMotion: 07.08.2008
  2. Skaner mikromacierzy Illumina iScan: 20.08.2008
  3. Analizator genomu - Genome Analyzer II: 25.02.2010

Wykorzystanie aparatury:

I. Automatyczna stacja dozująca epMotion:

  1. Badania własne prowadzonych przez Zakład Medycyny Nuklearnej i Endokrynologii Onkologicznej - analiza genów markerów w nowotworach
  2. Badania wykonywane w ramach projektów własnych finansowanych przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego i prowadzonych we współpracy z Kliniką Chirurgii Onkologicznej i Rekonstrukcyjnej - doc. A. Maciejewski, Kliniką Radioterapii – prof. R. prof. R. Tarnawski
  3. Analizy wykonywane w ramach projektu UE Genrisk T, 576/EURATOM/2008/7
  4. Współpraca oraz udostępnianie aparatu innym Zakładom Centrum Onkologii, Oddział w Gliwicach: doc. K. Lisowska, dr. A. Fiszer-Kieszkowska, dr. M. Olbryt
  5. Współpraca z Uniwersytetem Śląskim, Wydział Biologii i Ochrony Środowiska , wykonanie badań przez studentów w ramach prac magisterskich: Mgr Karolina Marek, temat pracy: Walidacja wartości rokowniczej ekspresji wybranych genów w resekcyjnym niedrobnokomórkowym raku płuc przy użyciu techniki QPCR. Mgr Dorota Glowania, temat pracy: Ekspresja genów w łagodnych guzach endokrynnych na przykładzie guza chromochłonnego nadnerczy Mgr Paweł Kania, temat pracy: Repozytorium danych o ekspresji genów w nowotworach o podłożu dziedzicznym na przykładzie dziedzicznego raka Mgr Urszula Kania, temat pracy: Metylacja promotora genu MGMT w glejakach mózgu Mgr Tomasz Kujawa, temat pracy: Przygotowanie do śródoperacyjnego badania molekularnego guzów tarczycy
  6. Współpraca z Politechniką Śląską, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki, wykonanie analiz do pracy magisterskiej: Mgr Magdalena Stawarz, temat pracy: Analiza ekspresji wybranych mikroRNA i ich genów docelowych w raku brodawkowatym tarczycy.
  7. Współpraca z Katedrą i Oddziałem Klinicznym Chirurgii Ogólnej w Bytomiu, Śląski Uniwersytet Medyczny w Katowicach, dr. W. Truchanowski
  8. Współpraca z Kliniką Onkologii i Radioterapii, Uniwersyteckie Centrum Kliniczne w Gdańsku, prof. J. Jassem

II. Skaner mikromacierzy Illumina iScan

  1. Badania własne prowadzonych przez Zakład Medycyny Nuklearnej i Endokrynologii Onkologicznej - analiza profilu ekspresji genów nowotworów
  2. Współpraca z Katedrą Neurochirurgii, Śląski Uniwersytet Medyczny, Katowice - guzy mózgu dzieci
  3. Projekty finansowane przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego własne oraz prowadzone przy współpracy z innymi ośrodkami - Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

III. Analizator genomu - Genome Analyzer II

  1. Badania własne prowadzonych przez Zakład Medycyny Nuklearnej i Endokrynologii Onkologicznej - analiza transkryptomu nowotworów
  2. Projekty finansowane przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego